El 4 de mayo de 1875, durante la presidencia de don Gabriel García Moreno, se reunieron los primeros académicos en la casa de don Pedro Fermín Cevallos, a fin de oficializar la creación de la Academia Ecuatoriana establecida el 15 de octubre de 1874. Tres años antes, el 10 de mayo de 1871, se había instalado en Bogotá la primera Academia Correspondiente de la Española. La segunda fue la Ecuatoriana y la tercera, la Mexicana.
El Gobierno del doctor García Moreno ordenó que se publicase en el periódico oficial la noticia de la Fundación de la Academia Ecuatoriana. En la edición N° 433 de El Nacional, correspondiente al 19 de mayo de 1875, se reprodujo íntegramente el “Acta de instalación”. Reconocida oficialmente esta institución por el Estado, fue comunicada la iniciación de sus labores a la Real Academia Española, el 2 de junio de 1875. Mediante Decreto de 11 de noviembre del mismo año, sancionado por el presidente José Javier Eguiguren, fechado dos días después y promulgado en el periódico oficial el 1° de diciembre siguiente (El Nacional N°473), el Poder Legislativo acordó a la Academia Ecuatoriana una subvención anual de 600 pesos. El Gobierno del doctor Antonio Borrero aprobó el 5 de febrero de 1876, el reglamento que rige los destinos académicos, y lo hizo publicar en la Imprenta Nacional.
Entre las actividades que la Academia había tomado a su cargo estaba la de cuidar y administrar la Biblioteca Nacional, en cuyo local funcionó desde el principio, en la calle Cuenca, a pocos pasos de la plazoleta de la Merced. ¿Desde cuándo se encontraba la Biblioteca Nacional, la de Espejo, en esa casa? Después de la expulsión de los jesuitas, la rica biblioteca de esta comunidad pasó a ser pública. Eugenio Espejo fue nombrado su primer bibliotecario. La Biblioteca se abrió al público el 25 de mayo de 1792. Acaso el escudo labrado en piedra que aún se conserva en la puerta principal y que lleva talladas las tres letras IHS nos da indicios de que allí se hallaba la biblioteca de los jesuitas cuando se trasformó en Biblioteca Nacional. La actual casa pudo haber sido edificada en el Siglo XVIII; en todo caso, sería anterior a 1792.
Después de un siglo de haber sido nombrado Eugenio Espejo director de aquella Biblioteca, ésta continuaba en su mismo local en la plazoleta de la Merced que desde los años de la Independencia seguía llamándose Plazuela de la Merced o Espejo.
Como desde 1896 se adeudaban a la Academia los subsidios anuales acordados, el doctor Carlos Rodolfo Tobar Guarderas, sucesor de don Pedro Fermín Cevallos, reinició ante el Gobierno de entonces las gestiones destinadas a conseguir el pago de las asignaciones estatales no abonadas. Se acordó, entonces, como fórmula aceptable de pago, entregar en propiedad a la Academia la mitad del inmueble de la Biblioteca Nacional, quedando el Estado como condueño, al poseer la otra mitad. Mediante decreto de 28 de octubre de 1904, se legalizó esta transacción. El Congreso del año siguiente aprobó un nuevo decreto, el 26 de septiembre, por el cual enajenaba a favor de la Academia Ecuatoriana los derechos que le correspondían en la otra parte de aquel inmueble; así se consolidó la propiedad del edificio a favor de dicha institución, la cual quedó facultada, a su vez, para enajenar aquella casa si fuere necesario a fin de adquirir otra más adecuada a sus propósitos. De este modo, la Academia Ecuatoriana funcionó en este edificio de la calle Cuenca ya hace ciento cuatro años, y ha sido propietaria de todo este recinto desde hace más de una centuria.